澳门外港位于澳门半岛之东面，是为往来香港之定期客轮上落乘客所专用。外港航道宽为120公尺， 其海图深度维持4.4 公尺。
澳门内港位于澳门半岛西面，由34个码头组成，货物之装卸都在此运作，而内港14号码头只供获本局批准之船只上落乘客。南舢舨码头位于内港8号与9号码头之间，供锚泊于内港之船舶上的人员登岸及离岸，且只限持有澳门居民身份证、 葡藉认别证或获有权限当局批准的人士才可在此登岸及离岸，并应事前向该处的水警稽查分站报备。往内港航道及内港航道均为55公尺宽，两者之海图深度都维持3.5 公尺。 九澳港位于路环岛之东北面，九澳港包括有油库码头、 水泥厂码头、集装箱货运站码头及发电厂码头，往九澳港之共同航道，宽为75公尺。